但至大中年间即弛禁，以后经五代、两宋犹有残存，民间仍有奉祀火神的习俗，在汴梁、镇江等地还有祆祠。
南宋以后，很少见诸中国典籍。
以后，在中国内地基本绝迹。
在金庸武侠《倚天屠龙记》中记载的明教，即历史上的摩尼教，就是起源于琐罗亚斯德教，但教义融合了大量基督教、佛教等其他宗教教义。
国内常不加区分的将琐罗亚斯德教与摩尼教统称为“拜火教”，含义比较混乱。
祆教在新疆的早期传播情况不详。
一九七八年在乌鲁木齐阿拉沟的一座古墓中，出土了一件高方座承兽铜盘。
据考证，这件公元前五世纪至公元前一世纪的铜盘，与中亚发现的祆教祭祀圣火的，这表示祆教传入新疆当不晚于公元前五世纪至公元前一世纪，传入路线是由波斯经中亚进入新疆，由于祆教崇拜天、地、日、月、水、火、木、土，与新疆盛行的原始自然崇拜基本相同，因此容易被当地居民接受，魏晋至唐宋时期，祆教在新疆各地迅速传播发展起来，在吐鲁番出土文书中，屡屡出现祆教徒特有的名字和有关祆教活动的记载。
祆教在吐鲁番的迅速发展引起当地统治者的重视和警惕，为加强对祆教的管理和遏制祆教势力的发展，不仅设置了专门管理祆教的官职“萨簿”，还采取一些具体措施以限制祆教的活动。
当祆教在中原地区不断遭受打击而日渐衰落之际，在新疆却进入其发展的鼎盛时期，据唐朝哈密方志《沙州伊州地志》（残卷）记载，当时哈密有一座袄庙，该庙的教主翟磐陀曾入京朝见皇帝，并表演了神灵附体和利刃穿腹的幻术，被唐朝皇帝赐予“游击将军”称号，十世纪的阿拉伯旅行家米撒尔在拔希国（今新疆策勒县）也看到其国都拨希城内有火教徒，由于祆教没有取得官方宗教的地位，主要流行于农村，与当地的原始宗教相互渗透、融合，最后演变为民间宗教的一部分，所以，从宋代以后不再见于文献记载。
在八到十世纪间，一部分坚持信仰琐罗亚斯德教的波斯人，不愿改信伊斯兰教而移居印度西海岸古吉拉特邦一带。
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